Juzgado tras la restauración de la democracia, en 1986 Etchecolatz fue sentenciado a 23 años de cárcel como responsable de haber ejecutado 91 tormentos pero la Corte Suprema anuló la sentencia por aplicación de la Ley Obediencia Debida.

Debido a que el delito de supresión de identidad (robo de bebés), no estaba contemplado por esas leyes, fue posible que se le juzgara y condenara a siete años de prisión en la causa Sanz, como responsable por la apropiación y supresión de identidad de la hija de una pareja de desaparecidos. Por su estado de salud, se le aplicó el beneficio del arresto domiciliario, lo que provocó el rechazo de la Asamblea Permanente por los Derechos Humanos, que exigió que cumpliese prisión efectiva. En junio de 2006 finalmente se le revocó el privilegio, al constatarse que poseía un arma de fuego en su domicilio.[3]

Después de la derogación en 2003 de las leyes de Punto Final y Obediencia Debida, Etchecolatz fue el primer funcionario de la dictadura en ser llevado a juicio. La causa por la que se lo enjuició estuvo paralizada durante años. Allí se lo acusó de la muerte de Diana Teruggi, en un operativo realizado en 1976 en el cual el Grupo de Tareas de Etchecolatz bombardeó durante horas la casa de la víctima, donde funcionaba una imprenta del grupo armado Montoneros, arrasándola por completo y matando a los ocupantes con una bomba de fósforo, además de la privación ilegal de libertad, torturas y homicidio de Patricia Dell’Orto, Ambrosio de Marco, Nora Formiga, Elena Arce y Margarita Delgado, y secuestros y tortura a Jorge Julio López y Nilda Eloy, que sobrevivieron.[3

Inmediatamente después de que Etchecolatz fue condenado a reclusión perpetua en 2006, el testigo principal del caso, Jorge Julio López, desapareció sin dejar rastros.